機能的適応とは、その種またはその先祖の生存を助けるために、種の進化の歴史のある時点で生じた構造または行動です。 例えば、防水性の卵殻は、浸透性の卵殻が乾燥してしまうような乾燥した環境で産卵する必要性に応じて爬虫類の間で生じた機能的適応である。
機能的適応は進化の中心です。生物の生存の可能性を高める構造は、自然選択によって強く支持されるため、その形質が固定され、人口のすべてのメンバーがその構造を持つまで、ある世代から次の世代へと、ますます多くの数が出現します。場合によっては、機能適応によって、ある機能から別の機能に移行することがあります。その一例が羽毛です。羽毛は、中生代に一部の恐竜種の断熱材として出現しました。これらの種ではそれらは断熱材として機能しました。やがて、現代の鳥の祖先の間で飛行できるように、一部の羽の形状が変化しました。このように、羽毛は鳥の進化の過程で新しい機能を獲得しました。
一度機能した適応は、その機能を失う可能性があります。こうした痕跡の適応は必ずしも役に立たないわけではありません。人間の尾骨または尾骨は痕跡適応の一例です。それは依然として筋肉の付着点として機能しますが、祖先の形態からは機能が大幅に低下していると考えられています。
